Une politique bien ficelée d’acquisition discrète de technologies auprès de pays européens, ostensiblement à des fins commerciales, a été mise en place en exploitant l’accès que le célèbre scientifique nucléaire pakistanais A. Q. Khan avait avec des contacts à l’étranger. Le Pakistan a utilisé des canaux douteux liés au réseau Khan et différentes sources basées en Europe pour faire passer plusieurs micro systèmes de la centrifugeuse et d’autres engins nucléaires. En 1982-83, plusieurs rapports de presse européens ont indiqué que le Pakistan utilisait des intermédiaires du Moyen-Orient pour acquérir des pièces de bombes telles que des « sphères d’acier » de 13 pouces et des « pétales d’acier ». Les entreprises qui fabriquaient des produits susceptibles de s’intégrer à la centrifugeuse et à d’autres systèmes n’étaient pas conscientes de l’utilité éventuelle de ces produits acquis de manière inoffensive à des fins officiellement et mensongèrement différentes.

Les documents déclassifiés du gouvernement américain du début des années 1980 indiquent qu’ « il existait des preuves non équivoques que le Pakistan poursuivait activement un programme de développement d’armes nucléaires ». En 1987, lorsqu’A. Q. Khan a admis en public que le Pakistan possédait effectivement la bombe, des responsables ouest-allemands ont confirmé que « l’équipement nucléaire saisi en route vers le Pakistan au cours de la même année était suffisamment adapté à un haut degré d’uranium enrichi ». Les plans d’une usine d’enrichissement de l’uranium ont également été saisis en Suisse la même année. En 1989, les médias ont affirmé que le Pakistan avait acquis du tritium gazeux et des installations de tritium en Allemagne de l’Ouest depuis le milieu de 1982. Cette affaire a attiré l’attention des États-Unis et, dans plusieurs communiqués, le gouvernement américain a prévenu le gouvernement ouest-allemand qu’il devait se méfier de l’exportation d’articles vers la Commission pakistanaise de l’énergie atomique et ses organisations affiliées, y compris l’exportation de tritium et d’une installation de récupération de ce même produit.

En 1990, la situation est devenue de plus en plus alarmante, les États-Unis et les autres pays occidentaux étant incapables de suivre le programme nucléaire pakistanais et sa croissance. Les États-Unis ont donc exercé des pressions sur le Pakistan, ce qui a conduit au gel du programme dans le but d’apaiser les inquiétudes américaines. À ce stade, le président Bush s’est retrouvé dans une situation difficile, car il a affirmé qu’il ne pouvait plus fournir au Congrès la certification de l’amendement Pressler selon laquelle le Pakistan ne possédait pas d’arme nucléaire. Les États-Unis ont décidé de mettre fin à l’aide économique et militaire au Pakistan en 1990.

Alors que la Chine aide le Pakistan depuis les années 1970 dans le cadre de son programme nucléaire, les années 1990 ont été marquées par une coopération encore plus  étendue entre les deux pays sur le front du nucléaire et des missiles. Fin 1992, le gouvernement américain s’est rendu compte que la Chine avait transféré au Pakistan des articles contrôlés dans le cadre du régime international de contrôle de la technologie des missiles. Le gouvernement américain a ensuite demandé au Pakistan de lui restituer les frégates de la marine américaine et un certain nombre de navires loués à la marine pakistanaise. Les États-Unis ont également imposé des sanctions de « catégorie 2 » à l’encontre des entités chinoises et pakistanaises impliquées dans un transfert lié au missile M-11, ce qui est interdit par la loi américaine.

En 1996, le principal laboratoire d’armes nucléaires du Pakistan, le laboratoire A.Q. Khan de Kahuta, a acheté 5 000 aimants annulaires à la Chine, ce qui a attiré l’attention internationale. Le Pakistan et la Chine ont travaillé en tandem dans le secteur nucléaire par le biais de canaux discrets, ce qui est resté une zone grise pour l’Occident en termes de compréhension de la nature du transfert de technologie et de la coopération entre les deux pays. Au sein de l’AIEA également, on a pu constater une coopération étendue entre les deux pays, les Chinois utilisant inévitablement les fonds de l’AIEA pour surveiller les activités nucléaires pakistanaises sous l’égide de l’AIEA, car les scientifiques internationaux désignés pour de telles tâches hésitent à se rendre au Pakistan compte tenu de l’insécurité ambiante. On a également pu constater une étroite coordination entre les experts chinois et pakistanais au sein de l’agence de surveillance nucléaire.

De manière significative, après avoir furtivement acquis des technologies de différents pays pour construire son programme nucléaire, le Pakistan est également devenu un facilitateur pour la fourniture de systèmes restreints et interdits à certains pays,  comme l’Iran, la Corée du Nord et la Libye. Bien que le réseau Khan, qui s’adonnait à de telles activités, ait été officiellement démantelé en 2004 après avoir essuyé les critiques de la communauté internationale, il semble que ce réseau existe toujours et qu’il opère dans différents modules de manière à ce que ses activités ne puissent être retracées. En outre, l’establishment politique et militaire pakistanais reste encore aujourd’hui étroitement impliqué dans les activités du réseau. Le programme d’armement nucléaire du Pakistan a suscité de vives inquiétudes au sein de la communauté internationale en raison de son manque de transparence et de sa nature opérationnelle suspecte.

Plus important encore, par le passé, des groupes liés aux Talibans ont attaqué avec succès des cibles gouvernementales et militaires dans le pays. En 2012, des militants islamistes armés ont utilisé des grenades propulsées par fusée pour attaquer la base sensible de l’armée de l’air de Minhas (Kamra), qui abrite les installations de recherche et de développement de l’armée de l’air pakistanaise. Le porte-parole des Talibans de l’époque, Ehsanullah Ehsan, a déclaré que les Talibans étaient fiers de cette opération car leurs dirigeants avaient décidé d’attaquer la base aérienne de Kamra il y a longtemps. Cette base avait également été prise pour cible en 2007 et 2009 par des kamikazes.

Par le passé, des dirigeants d’Al-Qaïda avaient également appelé à attaquer des installations nucléaires pakistanaises. De même, en septembre 2014, une attaque a été menée par AQIS contre le navire nucléaire pakistanais Zulfikar, amarré à l’arsenal naval de Karachi, suscitant également l’inquiétude de la communauté internationale quant à la capacité de ces cadres à cibler des installations vitales au Pakistan. Les autorités pakistanaises ont même affirmé que le navire avait été pris en charge par les agents d’AQIS.

Les années de recrutement d’individus à l’esprit conservateur dans les forces armées pakistanaises ont également assuré la présence d’un grand nombre de militaires qui pourraient être facilement influencés par des groupes et des dirigeants radicaux pour poursuivre leur programme. Plusieurs membres de l’ISI, de l’armée et de la marine pakistanaises sont également incorporés dans les cadres d’AQIS et des organisations affiliées à des fins de coordination et de facilitation. Un cas classique est celui d’Adil Abdul Qudoos, un haut dirigeant d’AQIS, qui était major dans le corps des transmissions de l’armée pakistanaise. C’est à son domicile de Rawalpindi que Khalid Sheikh Mohammed (cerveau du 11 septembre) a été arrêté en 2003. D’autres membres du personnel de la défense ont été liés à ces organisations.

Il a également été constaté que les Talibans entretiennent inévitablement des liens avec Al-Qaïda et ses affiliés tels que AQIS, LeT, Al Badr, IMU, etc. qui continuent à opérer en Afghanistan à leurs côtés. AQIS a opéré en étroite collaboration avec les Talibans et combattu les forces étrangères. Une telle association ne peut être passée par pertes et profits du jour au lendemain et les Talibans continueront d’entretenir ces liens tout en niant ces connexions. Il convient de noter qu’en 2017, al-Zawahiri avait également confirmé qu’AQIS « se bat sous la bannière de l’Émirat islamique ».

Dans ces circonstances, avec l’arrivée au pouvoir des Talibans qui créent un « Émirat islamique » et tentent d’évoluer comme nation viable, la dynamique politique globale sur le théâtre pakistano-afghan restera fluide encore un certain temps. Compte tenu des nombreux défis auxquels le Pakistan est confronté pour maintenir une stabilité responsable malgré la faiblesse de l’establishment politique en place, la communauté internationale devrait s’attacher à garantir la sûreté et la sécurité des actifs vitaux, y compris les actifs nucléaires du Pakistan.

L’arrivée au pouvoir des Talibans a suscité l’enthousiasme des membres conservateurs de la société pakistanaise, y compris de l’establishment gouvernemental. En cas de détérioration de la situation politique, la menace d’une prise de contrôle du gouvernement ou des biens nationaux vitaux par des éléments radicaux purs et durs est à craindre. La communauté internationale devrait donc surveiller activement le programme nucléaire pakistanais, au moins jusqu’à ce qu’une certaine forme de stabilité revienne dans la région, afin d’éviter que les actifs nucléaires du pays ne tombent entre de mauvaises mains. Le rôle de l’AIEA et de la communauté mondiale dans son ensemble sera crucial à cet égard.